O software é muito simples, possui apenas 2 botões sendo um para proteger e outro para desproteger os seus arquivos. O JavaEncryptor só não permite escolher um algoritmo de segurança.
Ao criar uma proteção será solicitado apenas uma senha, sem que haja necessidade de configurar mais alguma coisa. Além disso, o aplicativo não requere instalação, você pode até levá-lo num Pendriver.