O autorun é um programa que muitas mídias possuem armazenads em suas pastas. Ele serve para que toda vez que você colocar um cd no drive surja uma tela com as opções: abrir pasta, reproduzir com algum programa como Media Player, imprimir as imagens, copiar figuras para uma pasta no meu computador e outras. Dependendo do que você tenha instalado no seu computador, as opções mudam também.
Não apenas cd como outros outras mídias possuem o autorun e dentre elas está o pendrive. Eles possuem a execução automática fazendo com que qualquer programa que esteja nele armazenado possa ser executado, inclusive vírus, contaminando cada computador em que ele for instalado. Para que isso não ocorra, você poderá usar o programa Stop Run, que possui como função impedir que seu pendrive ou outros dispositivos de armazenamento disseminem vírus contido neles.
É um programa muito leve e de fácil uso, após o download para seu computador descompacte com um programa como o winrar e escolha um local para você extrair o conteúdo. Feito isso já estará pronto para você usar. Clicando em "imunize Pc", todos os dispositivos que utilizem o autorun ficarão impedidos de realizarem a execução automática. Para retirar a bloqueio ao autorun, basta clicar em "delete imunization" logo abaixo da opção "imunize PC".